В муниципальном унитарном предприятии Иркутскавтотранс г. Иркутска работают следующие службы: безопасности движения и техники безопасности, эксплуатации, охраны туда, ГОиЧС. Отделы: планово-экономический, коммерческий, юридический, энергетический, кадров, ПТО, ОТК, снабжения, ОХО. А также бухгалтерия, делопроизводство, ремонтно-механические мастерские. На предприятии существует три автоколонны.